Следующий за комплексом Лямбда, один из самых скрытных секторов «Чёрной Мезы», и, возможно, отделение Биодома. Сектор Гамма содержит несколько карантинных лабораторий, используемых для изучения биологических процессов и физических особенностей организмов из Зена. Комплекс Гамма также содержит генераторы для прототипа смещающего маяка, генерирующего мощные мини-порталы между Землёй и Зеном, для безопасного сбора организмов.