Внутри Цитадель имеет серые и тёмно-синие металлические стены, как и прочие здания Альянса. Энергетический луч главного реактора тёмной энергии Цитадели проходит через специальный тоннель в середине почти во всю высоту здания и служит для питания Цитадели и инфраструктуры Сити 17 а так же портала, расположенного наверху. Сам реактор расположен на подземном уровне глубиной в несколько сотен метров. Реакторная камера представляет из себя огромный зал, облицованный серыми металлическими стенами, в центре которого проходит луч и находится ядро реактора. Реакторная камера изолирована от остальных помещений Цитадели мощными металлическими дверями-створками, защищающими от радиации, ибо при синтезе тёмной энергии и её преобразовании в энергию выделяется огромное количество смертоносного гамма-излучения. Комната управления реактором находится чуть ниже уровня ядра и изолирована мощными стенами, однако она имеет сверхпрочное стекло, через которое можно наблюдать непосредственно само ядро. Также в камере имеются три обычно выключенных устройства поглощения тёмной энергии, которые в случае выхода реакции из-под контроля могут стабилизировать ядро и предотвратить взрыв. На нижних уровнях Цитадели помимо реакторной камеры расположены комната управления, подземная многоуровневая станция железнодорожной ветки и прочие служебные помещения Альянса. Выше реакторной камеры расположены отделы Центра Управления, заводы по производству и ремонту военной техники, генераторы энергии, служебные помещения, тоннели для поездов и наземной техники, ангары для вертолетной и стратегической реактивной авиации. Практически все коридоры Цитадели снабжены защитными полями, через которые может проходить только персонал Альянса имеющий гаджеты на поясах, настроенные под специальный код. В Цитадели имеются устройства аннигиляции материи. Также в Цитадели существует довольно разветвлённая монорельсовая транспортная сеть, по которой передвигаются лифты для доставки грузов между уровенями. В Цитадели существуют камеры для советников, где они помещаются в специальные транспортные самолеты и перемещаются на уровни ангаров для дальнейшего вылета. Большинство ангаров обычно закрыты силовыми полями и специальными створками, но в случае тревоги щиты поднимаются вверх, открывая путь для воздушной техники. Также Цитадель оборудована очень мощной сиреной, которую слышно на многие километры. В верхней части расположены жилые помещения персонала, и кабинет Уоллеса Брина, обустроенные в более приятной цветовой гамме, чем тёмная монолитная архитектура Альянса. На самом верху Цитадели находится межпространственный телепорт..